一是交通环保不适应交通发展形势。作为重点发展行业，国家加大了交通基础设施投入，带动交通建设飞速发展，交通环保任务和责任随之加大。交通环保点多、线长、面广、流动分散，治理难度大，工作机制和队伍远远不适应工作开展的需要，尤其是作为行业环保中坚力量的各地交通主管部门环保机构存在管理薄弱问题。
　　二是交通环保监督检查不够。交通环保监督管理力度不够问题突出，特别是工程施工阶段的环境保护监督管理不到位。有些单位施工中环保措施不到位，将弃方堆放到河道中，影响河道泄洪；客轮存在船员和旅客向水域乱扔垃圾的问题，尤其是三峡成库后的长江上游库区段成为社会关注的重点。
　　三是交通环保执法管理混乱。交通环保法规交叉、难以公正执法等问题突出。比如，2001年，交通部与水利部发出的《公路建设项目水土保持工作规定》，要求在山区、丘陵区和风沙区建设公路，应编制水土保持方案。但是许多不该编制水土保持方案的其它工程项目也编制了，使建设项目增加了很多程序，影响了工程进度，同时也造成了浪费。
　　四是交通环保欠帐较多。由于地方交通开展环保工作较晚，发展也不平衡，造成欠帐较多。中小港口、小型船舶污染治理欠帐多，管理监督难度大。港口船舶废弃物接收处理设施投资缺口很大，特别是长江中上游、太湖等内河地区的船舶和废弃物接收处理问题较多。