故宫的排水系统为明清时期修建的排水明沟和暗沟以及新中国成立后修建的污水管线。历经将近600年，许多地下管网仍在发挥重要作用。通过纵横交错的明沟暗渠，雨水很快可以流走。无论多大的雨，在故宫内也不会发生积水现象。
紫禁城有一套设计完整的排水方案，在城内挖掘了一条内金水河，河水由紫禁城的西北角城垣外护城河的引入口通过地下流通渠道，进来后曲曲折折流到东南角城垣下的地下出水口流出故宫。
宫内大小庭院都是中高边低，北高南低。下雨时，雨水流入四周房基下的明沟石水槽，地面和明沟的水将通过入水口流入地下。各个庭院内的明沟和暗沟的水流入纵横交织的沟道的支线和干线，最后全部流入内金水河。