在长江的鱼类中，鲤形目鱼类占绝大多数，计有248种，占整个长江鱼类种数的70.8%。其次是鲇形目鱼类，有37种，占10.7%。长江的鲤形目鱼类分属于4个科，亚口鱼科仅有胭脂鱼一个种，鳅科有50种，鲤科181种，平鳍鳅科16种。鲤科不但是长江鱼类中最大的一个科，占了总数的51.7%，而且长江的主要经济鱼类，如鲤、鲫、青鱼、草鱼、鲢、鳙、鲂、 鳊、鲴、铜鱼等，都属于这个类群。同时，鲤科中所有的11个亚科，在长江内都有分布。特别是适应于高原环境的裂腹鱼亚科鱼类，在长江水系多达24种，而其他发源于青藏高原的河流，通常仅分布这一亚科鱼类的少数几种