空气清新剂最明显的缺陷，是它含有的成分对人体可能带来的伤害。目前市场上销售的空气清新剂种类很多，但基本上都是由乙醚、香精等成分组成，这些物质在空气中化学分解之后产生的气体某些成分本身就是空气污染物，这其实是加剧了车内空气的污染程度，长期使用对人体会产生不良刺激。另外，空气清新剂里含有的芳香剂对人的神经系统还会产生危害，刺激小孩的呼吸道黏膜等。
空气清新剂的还有个缺点就是它并没有分解有害气体，达到清新空气的目的。它的作用是通过散发香气来盖住异味，而不是与空气中导致异味的气体发生反应，也就是说，空气清新剂的效果并不没有清除空气中的有害气体，它只是靠混淆人的嗅觉来“淡化”异味。